No acto de criação da CPLP, estabeleceu-se como órgãos da Comunidade as seguintes instâncias :

 A Conferência de Chefes de Estado e de Governo ;

 O Conselho de Ministros ;

 O Comité de Concertação Permanente ;

 O Secretariado Executivo.

Posteriormente, os Estatutos revistos na IV Conferência de Chefes de Estado e de Governo (Brasília, 2002) estabeleceu como órgão adicionais da CPLP :

 A Reunião dos Pontos Focais da Cooperação ;

 As Reuniões Ministeriais.

A Conferência de Chefes de Estado e de Governo reúne-se, ordinariamente, de 2 em 2 anos e, extraordinariamente, quando solicitada por 2/3 dos estados membros. Esse órgão, integrado pelas autoridades máximas dos 8 países é a instância deliberativa superior da Organização.

Como de regra em todas as instâncias deliberativas da CPLP, suas decisões são sempre tomadas por consenso.

O Conselho de Ministros é constituído pelos Ministros dos Negócios Estrangeiros e das Relações Exteriores dos países membros e reúne-se, ordinariamente, uma vez por ano e, extraordinariamente, quando solicitado por 2/3 dos estados membros.

O Conselho de Ministros responde perante a Conferência de Chefes de Estado e Governo, a quem deve apresentar os respectivos relatórios. O Conselho de Ministros elege, dentre seus membros, um presidente de forma rotativa, e por mandato de um ano.

Tanto a Conferência de Chefes de Estado e de Governo quanto o Conselho de Ministros são hospedados, em carácter rotativo, por um dos estados membros, que organiza os respectivos eventos em cidade de destaque, no mês de criação da CPLP.

No ano de 2003, o VIII Conselho de Ministros terá lugar na cidade de Coimbra, Portugal. Para Julho de 2004, está prevista a realização de IV Conferência dos Chefes de Estado e Governo, juntamente com o IX Conselho de Ministros, na cidade de São Tomé.

O Comité de Concertação Permanente reúne-se, ordinariamente, em Lisboa, na sede da CPLP, uma vez por mês e, extraordinariamente, sempre que necessário. O Comité é coordenado pelo representante do país que detém a presidência do Conselho de Ministros.

O Secretariado Executivo é o principal órgão executivo da CPLP e tem por incumbência implementar as decisões dos três órgãos deliberativos (Conferência, Conselho e Comité).

É dirigido pelo Secretário Executivo, alta personalidade de um dos países membros, eleito rotativamente, por um mandato de 2 anos, que pode ser renovado uma única vez. O cargo é actualmente ocupado pelo Embaixador João Augusto de Médicis, diplomata de carreira, nascido na cidade de Recife, Brasil. O Secretário Executivo é auxiliado em suas funções pelo Secretário Executivo Adjunto, cargo ocupado, no actual mandato, pelo Dr. Zeferino Martins, de nacionalidade moçambicana.

A Reunião dos Pontos Focais da Cooperação congrega as unidades responsáveis, nos estados membros, pela coordenação da cooperação no âmbito da CPLP. A Reunião dos Pontos Focais da Cooperação é coordenada pelo representante do estado membro que detém a Presidência do Conselho de Ministros. Compete à Reunião dos Pontos Focais da Cooperação assessorar os demais órgãos da CPLP em todos os assuntos relativos à cooperação para o desenvolvimento no âmbito da Comunidade.

Os Pontos Focais da Cooperação reúnem-se, ordinariamente, duas vezes por ano, e extraordinariamente, quando solicitado por 2/3 dos estados membros.

As Reuniões Ministeriais Temáticas são constituídas pelos Ministros e Secretários de Estado dos diferentes sectores governamentais de todos os estados membros. Compete às Reuniões Ministeriais coordenar, em nível ministerial ou equivalente, as acções de concertação e cooperação nos respectivos sectores governamentais.

Os fundos do Secretariado Executivo da CPLP são provenientes das contribuições dos estados membros, mediante quotas fixadas pelo Conselho de Ministros. A CPLP dispõe também de um Fundo Especial, dedicado exclusivamente ao apoio financeiro das acções concretas levadas a cabo no quadro da Organização.

Este Fundo é alimentado por contribuições voluntárias de entidades públicas e privadas, e está submetido a Regimento próprio.

No caso das acções aprovadas no âmbito das Reuniões Ministeriais, estas serão financiadas por fontes a serem identificadas por esses órgãos.