Os órgãos principais da União Latina são :

  O Congresso
É constituído pelos Estados-membros da Organização e reúne de dois em dois anos. Vota o orçamento e as grandes orientações das actividades da União Latina. Acolhe os novos Estados que aderem à Organização e elege os Estados-membros para os corpos directivos.

  O Conselho Executivo
Eleito pelo Congresso, é composto por 12 Estados-membros, eleitos por quatro anos. Acompanha regularmente as actividades da Organização e prepara o programa de trabalho e o projecto de orçamento correspondente.

  O Secretariado-Geral
A União Latina é dirigida pelo Secretário-Geral, nomeado pelo Congresso com um mandato de quatro anos. O Secretário-Geral é o responsável pela execução dos programas e das decisões do Congresso e do Conselho Executivo em termos de orçamento e das grandes orientações.

Na estrutura da Organização, estão também integrados os órgãos auxiliares estabelecidos pelo Congresso e pelo Conselho Executivo.